Selain kendala pemindahan ASN, Bandara VVIP Ibu Kota Nusantara (IKN) atau Bandara Internasional Nusantara sempat mengalami banjir pada 24 Januari 2025.
Genangan air setinggi 5 hingga 10 sentimeter terjadi di sekitar gedung terminal, meskipun berhasil surut pada hari yang sama.
Menurut laporan yang diterima pada 28 Januari 2025, lumpur sisa banjir masih terlihat di sekitar area gedung terminal, sementara genangan air belum sepenuhnya dibersihkan.
Pelaksana tugas (Plt) Dirjen Perhubungan Udara Kementerian Perhubungan, Lukman F Laisa, menjelaskan bahwa banjir terjadi akibat curah hujan tinggi yang hampir terjadi setiap hari, sementara saluran drainase belum sepenuhnya selesai dibangun.
"Saat ini masih berjalan penyelesaiannya. Justru yang sekarang mengganggu karena curah hujan tinggi, di lapangan hampir setiap hari hujan dan saluran drainase belum selesai," ujarnya.
Plt Deputi Bidang Sarana dan Prasarana Otorita IKN, Danis Hidayat Sumadilaga, menambahkan bahwa banjir terjadi di sekitar gedung terminal, bukan di area udara atau landasan pacu (runway).
"Kejadiannya di area sekitar gedung terminal, bukan di area udara atau landasan pacu karena ada drainase yang tersumbat," jelas Danis.